Pengembangan pelabuhan yang terintegrasi dengan kawasan industri merupakan salah satu upaya Kawasan Industri IMIP untuk memangkas biaya logistik. Kawasan industri yang terintegrasi dengan pelabuhan akan memotong biaya transportasi, sekaligus mempercepat arus barang dari dan menuju pelabuhan. Selain itu, pengembangan kawasan industri akan meningkatkan serapan tenaga kerja dan mendorong pertumbuhan ekonomi domestik.
Di Kawasan Industri IMIP, terdapat dua pelabuhan penunjang produksi. Terletak di Desa Fatufia dan Desa Labota Kecamatan Bahodopi, Morowali, Sulawesi Tengah, dengan luas masing-masing pelabuhan, Pelabuhan Fatufia 59,98 hektare dan Pelabuhan Labota seluas 83,32 hektare. Total jetty yang dimiliki dari kedua pelabuhan itu sebanyak 25 jetty vessel dan 35 jetty tongkang, dengan fasilitas Crane, Excavator, Speed Boat, Forklift, Harbour Tug, Reach Stacker, Loader, dan Assist Tug. Kapasitas bongkar muat dari kedua pelabuhan itu, sebesar 118,079,236.249 MT per tahun dengan realisasi ekspor impor sebesar 34,345,731.004 per tahunnya.